蛋白-蛋白对接是指在生物体内，两个蛋白质之间发生相互作用，形成蛋白质复合物的过程。蛋白-蛋白对接是生物体内许多生物学过程的基础，如细胞信号传递、酶催化、免疫应答等。理解蛋白-蛋白对接过程对于解析生物体系的结构和功能非常重要。

蛋白-蛋白对接可以分为两个主要步骤：

1.搜索：在蛋白质结构数据库中寻找潜在的蛋白-蛋白相互作用伙伴。这可以通过实验技术如X射线晶体学、核磁共振等来确定蛋白质复合物的结构，也可以通过计算方法来预测可能的蛋白-蛋白对接

2.对接：一旦潜在的蛋白-蛋白对接伙伴被识别出来，可以进行蛋白-蛋白对接的计算模拟，以确定两个蛋白质结合的最稳定方式。蛋白-蛋白对接的计算方法通常采用分子对接技术，例如蛋白质-蛋白质对接软件可以通过模拟蛋白质的构象和相互作用力来预测蛋白-蛋白复合物的结构和稳定性。

蛋白-蛋白对接的研究对于理解蛋白质复合物的结构和功能有重要意义。它有助于揭示蛋白质复合物的结合机制、信号传递通路以及酶催化的机理。在药物研发领域，蛋白-蛋白对接也用于预测潜在的药物靶点和药物分子与蛋白质之间的相互作用。